Pagėgių krašto, kaip dalies istorinio šiaurės Skalvos regiono, istorija neatsiejama nuo Mažosios Lietuvos istorijos. Prasidėję agresyvūs kryžiuočių žygiai į baltų žemes 13a. pasibaigė dalies genčių, kartu ir skalvių, nukariavimu. Būdama tarpine lietuvių ir prūsų grandimi, po pralaimėto Herkaus Manto sukilimo, skalvių gentis buvo inkorporuota į besikuriančią Prūsijos (Vokietijos) valstybę. Skalviai prarado svarbiausią gynybinę Ragainės pilį, tačiau dvasinis Skalvos centras – Rambynas ‑ išliko.

Kairėje Nemuno pusėje kūrėsi miestai Tilžė, Ragainė, o dešinėje buvusioms gyvenvietėms nebuvo lemta suklestėti. Pagėgiai, Panemunė, Vilkyškiai, Piktupėnai buvo tik pakelės kaimai, žinomi nuo 13a. Pagėgių krašte gyvenimas suaktyvėjo 1875 m. nutiesus Tilžės-Klaipėdos geležinkelį. Geležinkelio atsiradimas ir suintensyvėjusi laivyba Nemunu atgaivino krašto ekonomiką. 1902 m. buvo nutiestas siaurasis geležinkelis, kuris Pagėgius sujungė su Smalininkais.

Dar viena siauruko geležinkelio atšaka buvo nutiesta į Tilžę. Pagėgiai tapo tarsi Tilžės priemiesčiu, ilgą laiką net neturėjo bažnyčios. Tačiau miestelis sparčiai augo. l905 m. Pagėgiuose gyveno 700, 1925 m. ‑ 1400, 1938 m. ‑ 4000 tūkst. žmonių. Pagėgiuose kūrėsi vietinės ir centrinės valdžios įstaigos, prekių sandėliai, parduotuvės, muitinė, bankai, sveikatos priežiūros įstaigos, restoranai bei viešbučiai.

Po I pasaulinio karo, 1919 m. Antantė teritoriją į šiaurę nuo Nemuno atskyrė nuo Vokietijos ir sukūrė atskirą administracinį vienetą ‑ Klaipėdos kraštą. 1923 m. šis kraštas buvo prijungtas prie Lietuvos, o jame sudarytos trys apskritys ‑ Pagėgių, Šilutės ir Klaipėdos.

Pagėgiai tuo metu tapo apskrities centru. Apskritis apėmė 939 kv. km plotą su 40 335 gyventojais (1931 m. duomenys). 1945 m. Pagėgių apskričiai priklausė: Pagėgių ir Smalininkų miestai, Katyčių, Natkiškių, Piktupėnų, Oplankių, Pagėgių, Rukų, Galzdonų, Stumbrių, Lumpėnų, Sokaičių, Vilkyškių, Usėnų, Viešvilės, Lauksargių, Žukų, Smalininkų valsčiai.

1950 m. liepos – rugpjūčio mėn. įkuriamas Pagėgių rajonas, priklausantis Klaipėdos apskričiai. Pagėgių rajono DŽDT vykdomojo komiteto pirmininko pareigas tuo metu ėjo Inčiūra.

1956 m Pagėgių rajonui priklausė: Pagėgių miestas (rajono centras), Griežpelkių, Katyčių, Kavolių, Lumpėnų, Mociškių, Natkiškių, Pagėgių, Sartininkų, Stoniškių, Užpelkių, Vėlaičių, Vilkyškių apylinkės.

1962 m. gruodžio mėn. Pagėgių rajonas buvo prijungtas prie Šilutės rajono.

2000 m. buvo įsteigta Pagėgių savivaldybė, priklausanti Tauragės apskričiai. Jos teritorija ‑ 54 tūkst. ha ir apima tik dalį prieš II pasaulinį karą egzistavusios Pagėgių apskrities plotą. Savivaldybė išsidėsčiusi istorinėse Skalvių genties šiaurinėse žemėse ir gali būti laikoma garbingos baltų genties sostine. Susikūrus Pagėgių savivaldybei jai priklausė 3 seniūnijos: Pagėgių, Stoniškių ir Vilkyškių. 2000 spalio 9 d. Pagėgių savivaldybės taryba priėmė sprendimą dėl dar 2 seniūnijų steigimo: Lumpėnų ir Natkiškių. Lumpėnai ir jų teritorija buvo atskirti nuo Vilkyšių, o Natkiškiai su savo teritorija – nuo Pagėgių seniūnijų.

Taigi šiandien Pagėgių savivaldybei priklauso Stoniškių, Natkiškių, Pagėgių, Lumpėnų ir Vilkyškių seniūnijos, apjungiančios 101 kaimą. Visoje jos teritorijoje gyvena 12 208 gyventojai, 2 393 iš kurių ‑ Savivaldybės centre Pagėgiuose.