Seniūnijos teritorija užima 13,4 t.ha žemės plotą. 2022 m. sausio 1 d. duomenimis seniūnijoje gyveno 1795 gyventojai.

Rukų, Plaškių, Stoniškių, Berštininkų kaimai pradėjo sparčiai augti 1850 m. užbaigus tiesti plentą Tilžė – Šilutė ir 1875 m. geležinkelį Pagėgiai – Klaipėda.

Seniausia gyvenvietė yra Plaškių kaimas. Jo vardas minimas XVI a. istorijos šaltiniuose. 1703 m. čia buvo pastatyta medinė bažnyčia, o jai sudegus 1896 m. – mūrinė. Šiame bažnytkaimyje penktadieniais vykdavo dideli žuvų turgūs. Aikštės grindinys išklotos lauko akmenimis. Gėgės upės pakrantėje buvo žvejų laivų prieplauka. XVIII a. viduryje prie bažnyčios veikė parapijinė mokykla. Joje mokytojavo R.Prūsijos Kr. Lovynas. 1879-82 m. čia mokytojavo taip pat žymus Prūsijos veikėjas Kristijonas Dovydas Vitichas (Wittich). Čia jie rinko medžiagą apie vietinių gyventojų kalbą ir papročius. 1912 metais Plaškiuose veikė lietuvių kultūrinė draugija „Liepa“. Plaškiai buvo Stoniškių tarybinio ūkio skyrius. Plaškiai – graži ir žvejų mėgstama vietovė. Vasarą ir žiemą prie Gėgės upės visuomet pilna žvejų ne tik iš aplinkinių kaimų, bet ir iš Pagėgių, Tauragės, Sovetsko, Šiaulių.

Netoli Plaškių yra jau baigiantis išnykti Pleinės kaimas. Čia gyvendamas Klaipėdos krašto aktyvus visuomenės veikėjas Kristupas Lekšas rinko medžiagą ir 1908 m. išleido knygą „Rūtų vainikėlis“(svodbinės dainos).

Gretimame Berštininkų kaime 1875 m. gimė Martynas Gailius. Jis buvo Klaipėdos krašto seimo narys, aktyvus kovotojas prieš vokietinimo politiką, „Birutės“ draugijos narys, „Santaros“ steigėjas. Berštininkuose 1985 m. gimė ir gyveno poetas Gustavas Juozapaitis. Jis buvo Plaškių „Liepos“ ir Tilžės „Nemunas“ kultūrinių draugijų steigėjas. Po II pasaulinio karo čia gyveno dailininkas –  skulptorius Aloyzas Toleikis ir buvęs Lietuvos seimo narys Mindaugas Stakvilevičius.

Rukai – buvo ir yra vienas iš didžiausių Stoniškių seniūnijos kaimų. 1709-10 m. krašte siautė maro liga. Išmirė daugiau kaip 2/3 gyventojų. Į tuščias sodybas kėlėsi gyventi vokiečiai. Rukų kaimo istorija prasideda nuo smuklės įkūrimo. 1745 m. ją įsigijo Henrichas Švedas. Vėliau į kaimą atvyko kalvis Giorkė, drobių audėjas Šūmanas, račius Dagelovas. Jie buvo pirmieji vokiečių kultūros skleidėjai. 1905 m. Rukų kaime jau gyveno 712 žmonių, iš jų 365 lietuvininkai. Tai buvo vienas iš lietuviškiausių kaimų. 1885-86 m. buvo pastatyta Rukų evangelikų liuteronų bažnyčia.

Rukų pradinėje mokykloje mokytojavo Frydrichas Bajoraitis. 1905 m. jis ėmėsi organizuoti pirmąjį „Lietuvių kilnojamąjį knygyną“. Čia buvo sukaupta apie 1000 lietuviškų knygų, kurias skaitė vaikai ir kaimo gyventojai. 1909 m. knygynas buvo perkeltas į Žibus. Dabar Rukuose yra pagrindinė mokykla, joje mokosi mokiniai.

Rukuose 1912 m. veikė lietuvių kultūrinė „?žuolo“ draugija. Trisdešimt aštuoni „Santaros“ skyriaus nariai organizavo lietuvių kalbos kursus, ruošė vaidinimus, sportinius renginius. 1913 m. buvo pasodintas ąžuoliukas- draugijos simbolis. Nuo 1923 m. vokiečiai jį pradėjo pjaustyti, gręžė, nuodijo druskos rūgštimi, o 1925 m. nupjovė. 1937 m. jo vietoje buvo pastatyta akmeninė stela, kuri netoli plento stovi ir dabar.

1955 m. Rukų kaime buvo išgręžtas 2112 m. gylio gręžinys. Tai pirmas Lietuvoje giluminis gręžinys. Iš jo paimtų uolienos pavyzdžių dabar mokosi būsimi geologai. Gręžinio duomenys davė impulsą naftos paieškoms Lietuvoje.

Rukai – centrinė buvusio tarybinio ūkio gyvenvietė. Čia yra seniūnijos pastatas, biblioteka, kultūros namai, 2 parduotuvės, medicinos punktas, veterinarinė tarnyba, pirtis, renovuota Stoniškių pagrindinė mokykla.

Šalia plento yra Stoniškių kaimas – tai senoji Stoniškių MTS, kolūkio ir tarybinio ūkio gyvenvietė. Čia yra geležinkelio stotis, kažkada veikė opokos karjeras, kur šiandiena tyvuliuoja ežeras, malūnas. Pagal senąjį pagrindinės gyvenvietės pavadinimą išliko ir Stoniškių seniūnijos pavadinimas.

Dar viena stambi gyvenvietė yra Šilgaliuose. Čia 1945 m. pono Habedank ir Grinheidėje įsikūrė „Nemuno“ valstybinis žirgynas. Pirmieji arkliai buvo atvežti iš Vokietijos. Dabar čia auginami sportiniai, sunkiasvoriai ir pramoginiai poni arkliai. Žirgyne yra gerai įrengti bėgimo takai arkliams treniruoti ir varžyboms rengti, yra dengtas maniežas. Gyvenvietėje yra medicinos punktas, kultūros namai garsėja savo etnografiniu ansambliu ir dramos rateliu, veikia 2 parduotuvės, Šilgalių pagrindinė mokykla.

1995 m. Šilgaliuose pradėjo dirbti UAB „Vilkė“ – tai moderni gyvulių skerdykla ir mėsos perdirbimo įmonė galinti konkuruoti Vakarų ir Rytų rinkose, dabar pakeitė pavadinimą į UAB “Klaipėdos mėsinė”.

Apie 1/3 seniūnijos teritorijos sudaro Nemuno užliejamos lankos. Pavasarį lankos pavirsta didžiulėmis mariomis. Seniau lankose buvo 11 dvarų. Tarybiniu laikotarpiu Lazdėnuose buvo pastatytas didžiausias Pabaltijyje žolės miltų gamybos ir 4 žolės miltų agregatai. Dabar lankose ganosi galvijai ir gaminami pašarai.

Seniūnijoje yra daug gražių, įdomių, lankytinų vietų . Mėgstamiausios poilsio vietos yra prie Kucių ežero, Nemuno senvagės, Kamanos ir Vilkės upių, gražios Nemuno pakrantės.

Netoli Stumbragrių kaimo, Dinkių miško 75 kvartale yra saugomas gamtos paminklas ąžuolas.

2006 m. balandžio 24 d. Lietuvos Respublikos prezidento dekretu Nr. 584 patvirtintas Stoniškių seniūnijos herbas.